上海交通大学物理与天文学院教授李亮认为，基础研究中有一类，短期内看不到任何未来的应用场景，比如寻找质量的来源或正反物质不对称起源，这些问题是关乎宇宙发展和演化的终极问题，不能用简单需求去套。中国科学院院士、中科院数学与系统科学研究院研究员周向宇对《中国新闻周刊》说，目前过于强调“自由探索和需求导向”的二分法容易让人产生一种误解：自由探索型的基础研究是漫无目的的，实际上，其目的是构建新的科学知识体系。

　　王贻芳建议，应给予科研单位充分自主权，将科研经费具体分配、使用权下放给研究机构。只有研究所自己才有专业能力判断，什么是领域内真正前沿和重要的问题？什么是真正的“从0到1”的原创性项目？站在整个机构统筹的角度，什么是未来3~5年或5~10年应该重点聚焦的方向？对这些问题的回答应由所长充分征集科研人员的建议，并平衡好各方不同需求后再确定。“对基础研究机构而言，必须要有相当比例的项目非常具有前瞻性，但目前所里没有一个明确的战略聚焦方向，每个课题组都是直接和科技部、基金委签合同。”

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　　一切围绕项目的资助体系中，研究机构的运营、选题方向及科研人员的工资薪酬都和项目直接挂钩。庄辞对《中国新闻周刊》说，作为项目负责人，为了“凑人头费”，也就是给课题组的学生和博士后发得出工资，还必须不间断去申请新的项目，造成一定的重复资助。

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