这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

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　　穆荣平认为，科研资助模式应该是一个“喇叭口形”，在“入口”处，应尽可能资助数量足够多的高风险、探索型小项目。随着对某个科学问题的认知越来越清晰，逐步聚焦到一个相对明确的方向，资助项目数量逐步减少和资助强度同步提升。当研究开发聚焦到重大应用目标并有相当积累时，需要更加系统性、高强度资助，此时科技领军企业实质性参与至关重要。越往后端越聚焦，企业参与积极性越高，到“出口”处，企业自身就有动力出钱资助，不需要政府资助。/p>