王贻芳指出，当下，以竞争性项目制为核心的科研管理体制中，科学研究的一切组织事宜由政府的项目管理官员来控制，他们拥有立项、组织评审、审批等权力。这种管理体制相当于中央部委直接管理课题组，完全忽略或跳过了关键的中间层——科研单位。这与大多数国家的科研管理模式不太一样，没有充分发挥科研单位和专家的作用。“本质上其实是不相信科学家。”他说。

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　　上海交通大学物理与天文学院教授李亮认为，基础研究中有一类，短期内看不到任何未来的应用场景，比如寻找质量的来源或正反物质不对称起源，这些问题是关乎宇宙发展和演化的终极问题，不能用简单需求去套。中国科学院院士、中科院数学与系统科学研究院研究员周向宇对《中国新闻周刊》说，目前过于强调“自由探索和需求导向”的二分法容易让人产生一种误解：自由探索型的基础研究是漫无目的的，实际上，其目的是构建新的科学知识体系。/p>