这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

　　一切围绕项目的资助体系中，研究机构的运营、选题方向及科研人员的工资薪酬都和项目直接挂钩。庄辞对《中国新闻周刊》说，作为项目负责人，为了“凑人头费”，也就是给课题组的学生和博士后发得出工资，还必须不间断去申请新的项目，造成一定的重复资助。

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　　王贻芳指出，要从总体上推动稳定经费改革，就要从中央财政中额外划出一笔稳定支持经费，具体到如何落实，匹配给谁，怎么定义基础研究机构，不是任何一个部门可以单独解决的问题，需要在中央层面去统筹协调。本轮机构改革后，新成立的中央科技委员会或是一个解决经费问题的很好契机。

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